時間が無いので手短に。

経緯

• あるPC（Aとする）でキーボードレイアウトが英語に
• しかしデバイスマネージャやハードウェアキーボードレイアウトは日本語
• 調べてみるとIMEが消失（MS IMEがない）

原因

どうも言語設定の同期が原因らしい。
別のPC（Bとする）ではATOKを使っているけど、しょっちゅうMS IMEに戻るので鬱陶しくてMS IME自体を削除していた。
これがAに同期された結果、AにはATOKがないので強制的に英語にフォールバックしていたのかもしれない。

逆にA→Bの同期がかかった結果として、BでMS IMEに戻る現象が発生していたのかも。
いずれも推測の域を出ないけど...。

解決策

AにMS IMEを追加し、言語設定の同期をオフにした。しばらく様子見。